Výzkum

V současné době jsem zaměstnancem Centra pro analýzu biomedicínského obrazu (CBIA) na Masarykově univerzitě a zároveň postgraduálním studentem.

Zaměstnání

CBIA je interdisciplinární skupinou, sestávající z biologů, fyziků, matematiků a odborníků na výpočetní techniku. Hlavním cílem jejího výzkumu a klinických aplikací jsou 2-D a 3-D analýzy fluorescenčně obarvených buněk nebo jejich komponent pozorovaných optickým mikroskopem. Zejména pak snaha přispět k porozumění organizace chromatinu v jádře lidské buňky a funkčně-strukturálním vztahům lidských genů, za účelem diagnózy a prevence zhoubných onemocnění. Hlavní náplní mé práce pro CBIA je vývoj softwaru Acquiarium, zaměřeného na akvizici a analýzu obrazových dat.

Studium

V rámci svého Ph.D. studia se potom zabývám převážně segmentací buněčných jader, genů a dalších objektů z 3-D obrazů pořízených na konfokálním optickém mikroskopu. Segmentací se rozumí nalezení oblastí (hranic) odpovídajících daným objektům. Moje práce spadá pod grant MŠMT ČR "Vytipování markerů, screening a včasná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů". Částečně také spolupracuji s Centro de investigación médica aplicada (CIMA) při univerzitě v Pamploně ve Španělsku, kde jsem strávil 4 měsíce v roce 2008.

Metodou kterou momentálně testuji je segmentace pomocí nalezení maximálního toku v síti, respektive nalezení minimálního řezu, která vychází z prací Y. Boykova a V. Kolmogorova. Na některé z mých dosavadních výsledků se můžete podívat níže.